เนื่องจากว่าเทคนิค เอแจ็กซ์นั้นทำงานในฉากหลัง และไม่ได้เรียกหน้าใหม่ ทำให้เวลาใช้ปุ่ม “ย้อนกลับ” (back) ในเว็บเบราว์เซอร์ อาจจะไม่ได้หน้าที่ควรจะเป็น ผู้พัฒนานั้น ได้คิดค้นวิธีการแก้ไขปัญหานี้หลากหลายรูปแบบด้วยกัน หนึ่งในวิธีที่ใช้แก้ไขปัญหานี้อย่างแพร่หลายคือการใส่ IFRAME ที่มองไม่เห็นเพื่อสั่งให้เว็บเบราว์เซอร์เปลี่ยนแปลงรายการหน้าของปุ่มก่อน หน้านี้

ปัญหาในการคั่นหน้า

เนื่องจากว่าข้อมูลสามารถเปลี่ยนแปลงโดยไม่ต้องโหลดหน้าใหม่นั้น ทำให้ยากต่อการที่จะคั่นหน้าใน สถานะปัจจุบันที่ต้องการ เนื่องจากถือว่าเป็นหน้าเดียวกัน. อย่างไรก็ตาม นักพัฒนาซอฟต์แวร์ได้คิดค้นวิธีการแก้ไขปัญหานี้ โดยการใส่ ชิ้นส่วนตัวแปร (fragment identifier) ใส่ในส่วนของURL ตามหลังเครื่องหมาย ‘#’ เพื่อใช้ในการระบุสถานะของเว็บแอปพลิเคชัน สาเหตุที่ใช้วิธีนี้ได้นั้นเนื่องจากว่าจาวาสคริปต์นั้นสามารถเปลี่ยนชิ้น ส่วนตัวแปรนี้ได้โดยไม่ต้องโหลดหน้าใหม่. อย่างไรก็ตามวิธีแก้ไขปัญหานี้ไม่ใช่วิธีที่สมบูรณ์แบบ

เวลาที่ใช้ในการรับส่งข้อมูล

เนื่องจากว่าผู้ใช้อาจจะรู้สึกถึงความล่าช้าได้ ซึ่งในหลายกรณีผู้ใช้อาจจะไม่เข้าใจถึงสาเหตุ. ความล่าช้าในเทคนิค เอแจ็กซ์นั้นจะเห็นได้ชัดกว่าการโหลดหน้าใหม่ทั้งหน้า เนื่องจากเวลาโหลดทั้งหน้าใหม่นั้น สายตาจะได้รับข้อมูลการปรับเปลี่ยน ทำให้ผู้ใช้รับทราบว่าหน้ากำลังโหลดอยู่ ประเด็นนี้จึงเป็นปัจจัยที่ผู้พัฒนาควรที่จะคำนึงถึงระหว่างการออกแบบเว็บแอพลิเคชัน โดยผู้พัฒนาส่วนใหญ่นั้น ได้แก้ไขปัญหานี้โดยใช้รูปภาพแสดงว่าข้อมูลส่วนดังกล่าวกำลังโหลดอยู่ในฉาก หลัง เพื่อลดความรู้สึกดังกล่าว

ปัญหาความเข้ากันได้กับเสิร์ชเอนจิน

ผู้พัฒนายังต้องคำนึงการออกแบบ ที่จะให้เสิร์ชเอนจินต่างๆ นั้นสามารถอ่านและจัดทำดัชนีได้. ปัญหานี้ไม่ใช่ปัญหาที่เกิดขึ้นกับเว็บแอปพลิเคชันที่ใช้เทคนิค เอแจ็กซ์เท่านั้น แต่ยังเกิดขึ้นกับเว็บที่ดึงข้อมูลหน้าใหม่ทั้งหมดจากการตอบรับ เช่น กดปุ่ม เป็นต้น

ความน่าเชื่อถือของจาวาสคริปต์

เนื่องจากว่าเอแจ็กซ์ใช้จาวาสคริปต์ ซึ่งจาวาสคริปต์นั้นอาจทำงานแตกต่างกันขึ้นอยู่กับเว็บเบราว์เซอร์หรือรุ่น ของเว็บเบราว์เซอร์นั้นๆ และหากต้องการให้เข้ากันได้ในหลายเว็บเบราว์เซอร์ อาจต้องการการทดสอบและตรวจสอบความเข้ากันได้บนเบราว์เซอร์ต่างๆ ซึ่งบางครั้งอาจจำเป็นที่จะต้องเขียนโค้ดแยกเช่นบางส่วนสำหรับไออี และอีกส่วนสำหรับไฟร์ฟอกซ์เป็นต้น

สามารถประมวลผลได้เร็ว เรียกดูข้อมูลได้ทันที โดยไม่ต้องรีเฟรชหน้านั้นๆ

ขนาดการรับส่งข้อมูล

เทคนิคเอแจ็กซ์นั้นสามารถสร้าง HTML ได้ในเครื่องผู้ใช้ ทำให้ขนาดข้อมูลนั้นเล็กลงในครั้งต่อๆไป เพราะสามารถส่งเพียงข้อมูล และคำสั่งจาวาสคริปต์ลงมาเฉพาะส่วนที่มีการเปลี่ยนแปลง แทนที่จะต้องส่งข้อมูลใหม่หมดมาทั้งหน้า. ซึ่งทั้งนี้ขึ้นอยู่กับการออกแบบของเว็บแอปพลิเคชันนั้นๆ

ความรวดเร็วในการตอบสนอง

เนื่องจากการใช้เทคนิค เอแจ็กซ์นั้นทำให้การเปลี่ยนแปลงต่างๆ เช่นการแก้ไข เพิ่มเติม ลบทิ้งรายการข้อมูล หรือการดึงข้อมูลที่ต้องการจะค้นหานั้น สามารถทำได้ในฉากหลัง ทำให้ผู้ใช้รู้สึกการตอบสนองนั้น คล้ายคลึงกับโปรแกรมคอมพิวเตอร์ มากกว่าเว็บปกติที่ต้องรอโหลดใหม่ทั้งหน้าสำหรับการเปลี่ยนแปลงต่างๆ

ภาพเปรียบเทียบการติดต่อสื่อสาร ระหว่างเว็บแอปพลิเคชันแบบดังเดิมกับแบบที่ใช้ เอแจ็กซ์

ซึ่งจะเกิด error

Could not load file or assembly ‘System.Web.Extensions, Version=1.0.61025.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=31bf3856ad364e35′ or one of its dependencies. The system cannot find the file specified.

เป็นต้น

การแก้ปัญหานี้สามารถทำได้โดยการนำ ASP.NET AJAX 1.0 assemblies ใส่ไว้ใน  file system folder แล้วทำการ added a reference เข้าไปในโปรเจค